ทำหน้าที่ในการช่วยเหลือเด็กให้ปลอดภัยจากการถูกกระทำด้านต่างๆ อันเป็นการละเมิดสิทธิเด็ก โดยใช้วิธีการทางกฎหมาย สาธารณสุข และสังคมสงเคราะห์ ภายใต้เงื่อนไขว่าเด็กต้องมีหลักประกันที่ปลอดภัยอย่างเพียงพอ ขณะเดียวกันได้ทำงานผลักดันและพัฒนาให้นักวิชาชีพ กฎหมาย รวมถึงนโยบาย มีจิตสำนึกและมีศักยภาพในการทำงาน เพื่อการคุ้มครองเด็กอย่างมีประสิทธิภาพ รวมถึงการมีส่วนร่วมในการร่างและผลักดันให้กฎหมายของไทยเอื้อให้การทำงานคุ้มครองเด็กมากขึ้น อาทิ พ.ร.บ.คุ้มครองเด็ก พ.ศ.2546 โดยการทำงานได้ครอบคลุมไปถึงเด็กที่อยู่ในแถบเครือข่ายลุ่มแม่น้ำโขง ไม่ว่าจะเป็น ลาว จีน พม่า เวียดนาม กัมพูชา ซึ่งได้ดำเนินการในการคุ้มครองสวัสดิภาพจนกระทั่งสามารถส่งเด็กกลับคืนสู่สังคมได้อย่างปกติสุข

ส่วนที่ 1 งานบริการเด็กและครอบครัว  ให้ความช่วยเหลือคุ้มครองเด็กที่ถูกกระทำทารุณและเด็กที่ถูกแสวงประโยชน์ในรูปแบบต่าง ๆ  โดยรับแจ้งและให้ความช่วยเหลือคุ้มครองเด็กที่ถูกกระทำทารุณ ปล่อยปละละเลยและเด็กที่ถูกแสวงประโยชน์ในรูปแบบต่างๆ เช่น การบังคับค้าประเวณี และใช้แรงงานอย่างไม่เป็นธรรม โดยให้ความช่วยเหลือเด็กและครอบครัวที่ประสบปัญหาทั้งในประเทศไทยและต่างประเทศ โดยเฉพาะประเทศในอนุภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขง ซึ่งการดำเนินการช่วยเหลือได้ร่วมมือกับทีมสหวิชาชีพอาศัยมาตรการทางสังคมสงเคราะห์ จิตเวชและกฎหมาย เริ่มตั้งแต่ขั้นตอนการตรวจสอบติดตาม การสืบค้นข้อเท็จจริง การคุ้มครองสวัสดิภาพการฟื้นฟูเยียวยา ตลอดจนการคืนเด็กสู่สังคม 

ส่วนที่ 2 สนับสนุนและพัฒนาบุคลากรในหน่วยงานต่าง ๆ ทั้งหน่วยงานภาครัฐและเอกชน ได้แก่ เจ้าหน้าที่ตำรวจ บุคลากรในโรงพยาบาล บุคลากรในสถานดูแล องค์กรพัฒนาเอกชน ซึ่งมีบทบาทในการให้ความช่วยเหลือคุ้มครองเด็กที่ถูกกระทำทารุณและถูกแสวงหาประโยชน์ในรูปแบบต่าง ๆ ให้สามารถดำเนินงานร่วมกันได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยทำงานร่วมกันในลักษณะทีมสหวิชาชีพ

 

     การดำเนินการในส่วนนี้มีการทำงาน 2 ลักษณะ คือ การทำงานร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อให้การช่วยเหลือคุ้มครองผู้เสียหายจากการค้ามนุษย์ตลอดจนการดำเนินคดีผู้กระทำความผิด และการมีส่วนร่วมในการพัฒนากลไกในการช่วยเหลือคุ้มครองผู้เสียหายและปราบปราม ผู้กระทำความผิดรวมทั้งการผลักดันในระดับนโยบาย