ฝ่ายคุ้มครองสิทธิเด็ก มีภารกิจในการให้ความช่วยเหลือและคุ้มครองเด็กที่ถูกทารุณกรรม และได้รับการเลี้ยงดูโดยมิชอบ การช่วยเหลือคุ้มครองดำเนินการตามกระบวนการคุ้มครองเด็กเริ่มตั้งแต่ขั้นตอนการตรวจสอบติดตาม การสืบค้นข้อเท็จจริง
เป็นโครงการที่ให้บริการเด็กและครอบครัวโดยการบำบัดฟื้นฟูด้วยรูปแบบต่างๆ ซึ่งประกอบด้วยการทำงาน 2 ส่วน ได้แก่ 1) การบำบัดฟื้นฟูบาดแผลทางใจโดยการทำจิตบำบัดรายบุคคลและรายกลุ่มซึ่งมีการบูรณาการกระบวนการจิตบำบัดรูปแบบต่างๆ
เป็นโครงการที่มุ่งเน้นการเสริมสร้างความรู้ความเข้าใจในการส่งเสริมการเรียนรู้เรื่องเพศและความปลอดภัยทางเพศสำหรับเด็ก ประกอบด้วย 2 กิจกรรมหลัก
เป็นโครงการที่พัฒนาให้เกิดเครือข่ายในชุมชนในการดูแลเด็กและครอบครัว อาทิ เครือข่ายครอบครัว เครือข่ายเด็กและเยาวชน เครือข่ายแกนนำชุมชน ภายใต้กรอบเนื้อหาชุมชนคุ้มครองเด็ก
